Na miejscu obecnego kościoła stał kiedyś inny, który został przebudowany w XIV w. z inicjatywy przybyłych do Szczecina franciszkanów. W pierwszej fazie powstało prezbiterium, następnie korpus nawowy, a w trzeciej fazie (piewrsza połowa XV w.) 10 kaplic pomiędzy szkarpami. W XV i na początku XVI wieku ściany pokryto polichromią. W budynkach pozaklasztornych utworzono przytułek dla ubogich i szpital.

W okresie panowania Szwedów pełnił funkcję kościoła garnizonowego. Po 1694 roku nastąpiła częściowa rozbiórka zabudowań klasztornych. Francuzi (1807 - 1813) zamienili go na magazyn żywnościowy usuwając całe wyposażenie. W latach 1832 - 1834 został zamknięty, ze względu na zły stan techniczny. W latach 60-tych ubiegłego stulecia zabudowania klasztorne zburzono, a na ich miejscu wybudowano pomieszczenia dla mieszkańców przytułku.

Na początku XX w. kościół przeznaczono do rozbiórki ze względu na duże koszty remontu. Cenny zabytek uratował dr H. Lemcke, konserwator zabytków. Jednak prace konserwatorskie przeprowadzono dopiero w latach 1931 - 1934, między innymi łącząc odchylające się filary stalowymi klamrami. W czasie bombardowań alianckich w 1944 r. kościół ocalał pomimo zniszczenia okolicznej zabudowy.

W 1957 r. przekazany został księżom Pallotynom, którzy zaczęli odbudowę i przywracanie mu pierwotnego, gotyckiego charakteru. Po dwóch latach został poświęcony. Od strony Odry, w latach 1982 - 1985 wybudowano zespół mieszkalno - duszpasterski, harmonizujący z gotycką architkturą kościoła, według projektu prof. S. Latoura. W tej części mieści się Klub Ludzi Morza "Stella Maris". Ciekawe jest prezbiterium zamknięte siedmioboczną absydą, opartą na planie dziesięcioboku, trójnawowy halowy korpus o 7 przęsłach z wbudowanymi między szkarpy kaplicami. Wschodni szczyt korpusu zwieńczony jest sygnaturką z blaszanym barokowym hełmem. Gotyckie sklepienia gwiaździste, krzyżowo - żebrowe i sześciopromienne wsparte są na 12 pełnych ośmiobocznych filarach i czterech półfilarach. Zachowały się fragmenty malowideł na ścianach i filarze. Godnymi uwagi są cenne płyty nagrobne z 1378 r. i 1676 r. oraz barokowe organy z II poowy XVIII w. Wyposażenie kościoła jest współczesne, wykonane w latach 60 i 70.

Agata Stankiewicz, 2000
Źródło:Ziemia Szczecińska, Przewodnik Turystyczny